Le incursioni dei pirati avvenute nel XVI secolo hanno di fatto distrutto ogni traccia delle numerose chiesette esistenti sull’isola in quel periodo, la stessa Chiesa Matrice venne incendiata nel 1553 durante l’incursione del pirata Dragut. Tra il XVII e il XVIII secolo si formano a Pantelleria molte Congregazioni e Confraternite che si presero cura delle chiesette rurali esistenti e ne edificarono di nuove. L’attenzione a questi edifici, che sparsi per l’isola servivano le piccole comunità contadine, permettendo la pratica religiosa senza doversi allontanare troppo dalle proprietà, continuò anche con l’arrivo dei Frati Cappuccini. Di alcune chiese, però,  si è persa nel tempo ogni traccia e nemmeno è stato possibile ricostruirne la storia. Le chiesette dovevano essere in numero maggiore alle 17 attuali. Di recente è rinata una nuova attenzione, infatti, oggi le chiesette, spesso ricostruite su antiche strutture demolite o scomparse, sono state censite e vengono mantenute in ordine. Almeno una volta all’anno viene celebrata la Santa Messa nel giorno in cui il Santo, a cui è dedicata la chiesa, viene ricordato dal calendario liturgico.