La Chiesa della Madonna della Margana viene già citata nel 1552, sappiamo dai registri parrocchiali del 1603 che molte persone venivano seppellite in questo luogo, probabilmente i fratelli delle Congregazioni. Nel 1678 sono già attive la Congregazione della SS. Addolorata e quella del S. Sacramento, che all’inizio del XX secolo si fonderanno con quella della Carità. L’icona della Madonna viene citata nel 1726, le è attribuita un’origine bizantina. La leggenda narra che il quadro era a bordo di un velierio che, giunto a Pantelleria, non poté proseguire  il suo viaggio, a causa di una tempesta. Dovendosi liberare del carico i marinai decisero di lasciare sulla spiaggia il quadro della Madonna. Fu poi caricato sul dorso di un asino per essere trasportato alla Matrice, ma giunto sul luogo in cui sorgeva la chiesa, l’animale si fermò, indicando così dove collocare il quadro.  In questa chiesa da maggio a ottobre viene conservata la bella icona della Madonna, patrona dell’isola, però l’ultima domenica di ottobre l’icona viene portata in solenne processione alla chiesa Matrice, per ritornare poi a maggio nella chiesa “campestre” sempre con processione molto partecipata dagli isolani.